En las revanchas empató 1:1 con Olimpia con gol De la Peña y superó a O’Higgins por 2:0, convirtiendo De la Peña y Victorino clasificándose para disputar la final ante Internacional de Porto Alegre. De vuelta en Montevideo derrotó a Defensor 3:0, a Oriente Petrolero 5:0 y a The Strongest 2:0. En la serie semifinal debió enfrentar a O’Higgins de Chile y a Olimpia de Paraguay, campeón de la edición anterior. En las revanchas en Montevideo derrotó 3:0 a Universitario y a Palmeiras 3:1 convirtiendo Artime, Morales y el chileno Ignacio Prieto. Nacional venció 2:0 con goles de Espárrago y Artime, obteniendo de esa forma su primera Copa Libertadores. Mugica realizó algunos cambios en el equipo y en el planteo, colocando como titulares a tres veteranos del 71 que estaban en el club: Blanco, Espárrago y Morales. La nueva Directiva designó de urgencia al campeón de 1971 Juan Martín Mugica como técnico y al profesor Esteban Gesto como preparador físico.
Llegaron al club el argentino Miguel Brindisi, Carlos Aguilera, Pedro Pedrucci, Carlos Berrueta, Juan Eduardo Ferrari y Antonio Alzamendi, además del argentino Miguel Ángel Basílico como director técnico. La llegada en 2007 de Ricardo Alarcón a la presidencia, marcó una re-dirección del club. La séptima participación de México en la cita continental sería fue en la Venezuela 2007. Compartió el grupo "B" con las selecciones de Brasil, Chile y Ecuador. En el grupo semifinal correspondió jugar con Universitario de Perú y Palmeiras de Brasil. Jugó la Eurocopa donde, se clasificó como segunda de su grupo detrás de Alemania, en octavos de final venció a República Checa por 1-0, pero una vez más fue eliminada en semifinales por España en definición por penales. Este campeonato es recordado porque Nacional finalizó campeón y Peñarol terminó en el último escalón, habiendo una plaqueta en la sede tricolor recordando el evento. La historia de esta temporada del equipo dirigido por Gerardo Pelusso comienza en la final de la Liguilla Pre-Libertadores de 2008 cuando Nacional enfrentó a Defensor Sporting, el entonces campeón uruguayo.
La serie era compartida con Defensor Sporting y los bolivianos The Strongest y Oriente Petrolero. Debutó derrotando a Defensor 1:0, siguió venciendo a Oriente Petrolero 3:1 en Bolivia, pero perdió en La Paz con The Strongest. El Uruguayo de 2005 fue especial porque se disputó a una sola rueda y porque Defensor Sporting no se presentó a jugar la final del mismo, en protesta a los arbitrajes. Bajo su dirección Nacional ganó el clásico de la segunda rueda 1:0 con gol de Berrueta, dejando a Peñarol momentáneamente en la última posición de la tabla. El 14 de agosto de ese año, se jugó el segundo clásico de la historia en el extranjero y el único jugado en Europa. El primer clásico fue victoria 1:0 con gol del hondureño «Tyson» Nuñez. Permaneció la figura de Rubén Sosa para ser el capitán y símbolo del equipo, y se contrataron quince futbolistas (entre ellos, el brasileño Jorgeao, Vanzini, Gabriel Álvez, «Tyson» Nuñez y Mario Regueiro). En 2000, una impresionante batalla campal entre los futbolistas de Nacional y Peñarol, camiseta italia 2022 determinó que las finales de ese año se jugaran con algunos futbolistas encarcelados, por el lado de Nacional, Richard Morales, Vanzini y Regueiro. En 1986 Nacional perdió el Campeonato Uruguayo de forma insólita, al perder una final con Peñarol a pesar de haber terminado primero con un punto de ventaja sobre dicho club.
Dicho partido se jugó el 29 de octubre en el Centenario colmado por 75 000 espectadores y culminó 3:0 a favor del local con goles de Pinocho Vargas, Ostolaza y De León de penal. Tras empatar en Lima, el 2 de mayo venció a Palmeiras en el Estadio Pacaembú de San Pablo por 3:0, con dos goles de Artime y uno de Bareño. ↑ a b Larrea, Gonzalo (28 de mayo de 2011). Ovación, ed. ↑ Univisión. «Ausencias británicas en los JJOO 1924-1928». Consultado el 12 de septiembre de 2012. (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última). Además obtuvo su primera Copa Interamericana, derrotando al Cruz Azul mexicano, siendo el único club uruguayo en contar con este trofeo en su palmarés. Diego Vera. Por él, ingresó el juvenil Santiago García (17 años) debutando en primera división, marcando el único tanto del partido y otorgándole el primer título de la era Pelusso al club.