Además, Oskar Rohr uno de los mejores jugadores, dejó el club para jugar como profesional en el Grasshopper Club Zúrich. El partido tuvo lugar y el Bayern derrotó al hasta ahora cinco veces campeón alemán, el Núremberg con un 2:0. Los goles fueron anotados por Oskar y Hans Welker. No fue sino hasta la temporada 1919-20 que el club garantizó su participación una vez más en el torneo. El 27 de febrero de 1900 en la ciudad de Múnich, los jugadores del MTV Múnich se reunieron en la posada Bäckerhöfl, ya que recientemente había una disputa entre los jugadores acerca del futuro del club. Once hombres: Nägele, Schmid, Karl, Wamsler, Ringler, Focke, Francke, Friedrich, Zoepffel, Pollack y Jhon, dejan la posada y se encuentran en el restaurante Gisela en Schwabing, con el fin de crear el «FC Bayern». El auge del nazismo supuso el fin del crecimiento del Bayern ya que numerosos socios del club lo dejaron.
Durante la Primera Guerra Mundial el club fue un sube y baja, con lo que se temía que el club y su entorno llegaran a su fin. En 1907 bajo la presidencia de Angelo Knorr, renuncian a la instalación deportiva de Karl-Theodor-Straße y pasan al campo de fútbol de Leopoldstraße, inaugurando así la primera tribuna en un campo de fútbol en la ciudad de Múnich. A lo largo de su historia, la entidad ha visto como su denominación variaba por diversas circunstancias hasta la actual de Fußball-Club Bayern München e.V., vigente desde 1923. El club se fundó bajo el nombre oficial de Fußball-Club Bayern. El hasta entonces 15 veces internacional tuvo que ver el partido desde la grada. Conquistaron esta liga en su primera temporada, pero no lo hicieron otra vez hasta el comienzo de la Primera Guerra Mundial en 1916, la cual detuvo todas las competiciones de fútbol en Alemania. El nuevo comienzo después de la guerra fue difícil, en junio de 1947 Kurt Landauer regresa del exilio, y unas semanas más tarde fue reelegido como presidente de la asociación. A comienzos de 1924, el club revierte la fusión con el Turnverein Jahn, por lo que el TuSpV Bayern pasa a ser una asociación independiente con el nombre «FC Bayern München», siendo dirigidos esta vez por el escocés Jin McPherson.
Esto debido a que la junta directiva del MTV había rechazado la adhesión del club a la Asociación de Fútbol del Sur de Alemania. En el mismo año, Max Gablonsky se convertiría en el primer jugador camiseta juventus 2022 del club en ser llamado por la selección de fútbol de Alemania. El cambio de entrenador de Kálmán Konrád a Richard «Dombi» en 1930, resultó ser una buena decisión. Hofmann murió al poco tiempo por una enfermedad en la garganta, por lo que Richard Michalke asumió el cargo de entrenador. Después de un partido «dramático», el Bayern ganó 4:3. Ya en 1928 llegó el entrenador húngaro Leo Weisz, el cual llevó al club a ganar su segundo campeonato. Serie A1 entre 1927 y 1948, mientras que el equipo de hockey - siguiendo a sus contemporáneos milaneses del Ambrosiana-Inter y Milan - participó en la temporada 1940-41 del Campeonato Italiano de Hockey sobre hielo finalizando en el tercer lugar.
En 1926 el Bayern conquistó el campeonato del sur de Alemania, donde los más duros competidores habían regresado, como el Núremberg y el Fürth —quien en ese momento era considerado el mejor equipo alemán en Baviera—. El equipo era conocido como «Die Rothosen» —trad. Pese a perder la categoría, el club azulón renovó el contrato de Esnáider para dirigir al equipo en la categoría de plata. El Bayern se estableció como uno de los grandes clubes de Alemania —tanto así que Wilhelm Simetsreiter, Ludwig Goldbrunner, y Herbert Moll habían representado al equipo nacional de Alemania en los Juegos Olímpicos de 1936 en Berlín—. Desde los años 1970, los rivales principales del Bayern fueron los clubes que pugnaban por quitarle su dominación nacional. También fue la primera vez que un club de la ciudad de Múnich fue campeón nacional. Tras el pitido final el Bayern se llevó por primera vez la histórica Copa Victoria. Dicha ronda no se llevó a cabo en el año del final de la Segunda Guerra Mundial. La final del campeonato alemán del sur la perdió contra el Eintracht Fráncfort y fue como segundo mejor a la ronda final del campeonato alemán. En 1944 logran el campeonato alemán del sur y el club se clasificó para la ronda final en el campeonato alemán.
Poco antes del final de la guerra jugaron en el Gauliga Múnich/Alta Baviera. En los años siguientes el club ganó algunos trofeos locales y en 1910 el Bayern se hizo miembro de la recién fundada Kreisliga, la primera liga regional de Baviera. ↑ «El Allianz Arena se vestirá de verde por primera vez en su historia». Por otra parte el poeta y escritor alemán Albert Ostermeier escribió en el Süddeutsche Zeitung: «El Bayern no pertenece a ningún jeque, y todavía tiene más alma que la mayoría de los otros clubes». El Bayern era llamado «el club de los judíos» y, como era un club semiprofesional, se vio afectado también por las medidas gubernamentales, por lo que los jugadores de fútbol tuvieron que pasar otra vez a la categoría de aficionados. A medida que la guerra avanzaba, la Gauliga era más regionalizada para evitar que los clubes tuvieran que trasladarse a grandes distancias. Después de la Segunda Guerra Mundial y disuelto el Consejo de Control Aliado, todos los clubes deportivos de Alemania tuvieron que solicitar una licencia para su nueva fundación. No obstante la Segunda Guerra Mundial estalló, lo que significó que muchos clubes entrarían en hibernación —entre ellos el Bayern—.
